법인의 주식을 많이 소유하고 있는 경우, 세법이 대주주에 대해 어떤 과세를 하고 있는지 살펴보자.

주식을 양도하는 경우에는 소득세법에 따른 양도소득세가 과세되는데, 모든 주식의 양도에 전부 양도소득세가 과세되는 것은 아니다. 상장법인의 대주주와 비상장법인의 주주가 양도하는 주식에 대해서만 양도소득세가 과세된다. 여기서 상장법인의 대주주란, 주식양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주식의 소유비율이 1%이상(코스닥은 2%)이거나, 시가총액이 15억원 이상인 주주 및 그의 특수관계자를 말한다.

대주주 여부는 주식양도소득세율에도 영향을 미친다.

원칙적으로 주식의 양도소득세율은 20%(중소기업은 10%)가 적용되는데, 대주주에게는 기본 20%에 과세표준 3억원 초과구간에 대해서는 25%의 세율이 적용된다. 참고로, 비상장법인의 경우는 주식 소유비율이 4%이상이거나, 소유 주식평가액이 15억원 이상인 경우 대주주로 분류한다.

한편, 그냥 대주주가 아닌 최대주주에 대한 제재도 있다. 상증세법에서는 최대주주가 주식을 상속하거나 증여할 때, 그 주식가치를 할증평가 하도록 정하고 있다. 원칙적으로 20% 할증평가 하되, 중소기업은 10%만 할증평가 한다. 다만, 최대주주의 지분율이 50%를 초과하는 경우라면, 30%(중소기업은 15%)할증평가한다. 하지만, 중소기업의 최대주주에 대해서는 2020년말까지는 할증평가규정을 유예해 주고 있다.

또한, 법인의 지분 50%를 초과해서 보유하는 과점주주에 대해서는 2차 납세의무 문제도 있다. 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세에 충당하기에 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 과점주주는 그 부족한 금액에 대하여 소유지분율만큼 제2차 납세의무를 지는 것이다. 주식회사의 유한책임제도를 부정하고, 과점주주가 실질적으로 개인사업처럼 법인을 운영한 것으로 보아 추가적인 제제를 하는 것이다.