보통 대주주가 주식의 대부분을 소유하는 중소기업의 경우, 기말에 이익수준을 고려해서 임원인 본인이나 가족에게 상당한 상여금을 지급하는 경우가 많다.

상법에서는, 이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정하도록 하고 있다. 따라서, 보통 법인은 임원 보수 한도를 주주총회에서 정하면, 그 한도내에서 지급하는 상여금은 아무 문제 없을 것으로 알고 있는 경우가 많다.

법인세법에 따르면, 법인이 임원이나 사용인에게 이익처분에 의해 지급하는 상여금은 손금에 산입하지 않도록 하고 있다. 또한, 임원에게 지급하는 상여는 정관, 주주총회, 이사회의 결의에 따라 결정된 급여지급기준에 의해 지급해야 하며, 그 금액을 초과하는 금액도 손금으로 인정되지 않는다. 즉, 임원은 상여지급의 결정권을 갖고 있으면서, 그들의 노력의 대가로 지급하는 상여가 아니라, 단순히 이익을 나눠갖는 의미의 잉여금처분으로서의 상여인 경우가 많다. 그러므로 이런 잉여금 처분에 의한 상여를 손금으로 인정하지 않겠다는 의미이며, 잉여금처분의 상여인지 잉여금처분이 아닌 상여인지 구분하기도 곤란해 정관, 주주총회 또는 사원총회나 이사회의 결의에 따라 결정된 급여지급기준에 의해 지급하는 상여금에 한해 손금으로 인정하고 있는 것이다.

판례를 살펴보면, 주주총회에서 임원의 보수한도를 정하고, 이사회 회의록에 특별상여금의 지급대상자, 지급금액, 지급시기, 지급사유(모호한 표현)가 기재돼 있는데도, 상여금의 구체적인 지급기준이 없으므로, 잉여금 처분에 의한 상여로 보아야 한다는 결정이 있다.

구체적인 지급기준을 예로 들면 임원별 업무성과, 목표달성률, 성과평과 등에 따라 차등적인 비율이나 금액을 정하여 상여금을 지급한다는 내용이 사전에 정관, 주주총회, 사원총회, 이사회 결의로 결정하는 것이다.

유사한 규정으로, 법인이 지배주주와 그의 특수관계에 있는 자인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 다른 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 않는다.

따라서, 임원에게 상여를 지급할 때는, 반드시, 정관이나 주주총회로 보수의 한도 및 상여지급 기준을 분명하게 마련해 놓고, 그에 따라 지급해야 할 것이다.