고령의 김농부씨는 시골에서 태어나서 젊었을 때부터 부모님의 농지를 상속받아 농사를 계속 지어왔다. 2014년부터 농지 일부를 주변 공장의 창고용도로 임대해 주었으며, 2017년에 임대계약을 승계하는 조건으로 농지를 양도했다. 해당 토지는 지목이 농지로 되어 있고, 8년이상 오랫동안 직접 농사를 지었으므로, 양도소득세는 전액 감면되는 것으로 양도소득세 신고도 완료했다.

그런데, 어느 날 세무서로부터 양도소득세를 고지하겠다는 통지가 왔다. 자경농지의 양도소득세 감면은 양도당시 농지여야 적용되는데, 양도 당시 임대용도로 사용하고 있었으므로 농지가 아니므로, 자경감면의 대상이 아니라는 내용이었다.

김농부는 세무서에 찾아가서, 오랫동안 실제로 농사를 짓던 땅에 컨테이너 박스 1개정도 면적을 임대해 주기는 했지만, 해당토지의 용도를 변경하기 위한 절차를 진행한 사실이 없고, 창고 주변부분은 언제든지 농작물을 재배할 수 있는 농지상태라고 주장했다. 즉, 해당 토지는 농지이므로 다른 용도로 사용하는 것 자체가 불가하고, 일시적으로 휴경한 휴경농지로 보아야 한다는 것이다.

휴경 중인 농지의 경우, 휴경의 원인에 따라 자경기간 산정기간에서 제외하는 것뿐이지, 농지가 아니라고 보지는 않기 때문이다.

산입 여부가 달라질 뿐 농지 여부를 판단하는 것은 아니고, 청구인의 쟁점토지 보유기간 44년 중 40년은 자경기간에 해당하는 것이며, 휴경상태에서 쟁점토지를 양도한 것은 농지의 양도로 보아 조특법상 양도소득세 감면 규정을 적용하는 것이고, 쟁점토지 일부에서는 양도 당시 경작사실이 있으므로 해당 면적에 대해서는 조특법상 양도소득세 감면규정을 적용해야 한다.

세무당국은 양도계약서상 임대차계약을 양수인이 승계하기로 한 점을 보면, 양도인은 이 토지가 양도당시 농지로 이용되지 않고 있었다는 것을 확실히 인지하고 있었다고 보았다.

조세심판원은, 양도소득세 감면규정의 적용대상이 되는 자경농지는 원칙적으로 양도일 현재 실지로 경작에 사용되는 토지를 의미하고, 경작에 사용되지 못한 사유가 계절적인 사유 등 일시적인 휴경상태로 인한 것이 아닌 한 양도일 현재 실제로 경작에 사용되지 아니한 토지는 농지에 해당한다고 볼 수 없다고 판단했다.

자경농지 감면에서 간혹 발견되는 안타까운 상황이다. 8년이상 농사지은 농지를 양도할 때는 반드시 양도시점에 실질적으로 농지여야 한다는 점을 명심해야 한다.