세무공무원은 조사대상이 되는 세목, 업종, 규모, 조사 난이도 등을 고려해 세무조사의 기간이 최소한이 되도록 해야 한다. 이때, 일정한 사유가 있는 경우에는 세무조사의 기간을 연장할 수도 있다.

조사기간을 정할 때 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억 원 미만인 납세자에 대해서 조사기간은 20일 이내로 한다. 이처럼 기간을 정한 세무조사를, 열거된 사유로 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무서장의 승인을 받아야 하고, 2회 이상 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 세무공무원은 열거된 사유로 세무조사가 어려우면 조사를 중지할 수도 있으며 중지 기간은 조사기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 않는다. 조사를 중지한 경우 그 중지사유가 소멸되면 즉시 세무조사를 재개해야 한다.

또 세무조사의 중지기간 중에는 납세자에 대해 국세의 과세표준과 세액을 경정 또는 경정하기 위한 질문을 하거나 장부 등의 검사, 조사 또는 그 제출을 요구할 수 없으며, 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우 그 사유를 문서로 통지해야 한다.

세무공무원은 법에서 열거된 경우를 제외하고는 조사를 진행하는 중에 조사범위를 확대할 수 없으나, 이처럼 세무조사의 범위를 확대하는 경우에 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지해야 한다.

이와 함께 세무조사의 목적으로 납세자의 장부 등을 임의로 보관할 수 없다. 다만, 수시선정 세무조사 사유에 해당하는 경우에 조사목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부 등을 납세자의 동의를 얻어 일시 보관할 수 있다.

세무공무원이 납세자의 장부 등을 보관하려는 경우 납세자로부터 일시보관 동의서를 받아야 하며, 일시보관증을 교부해야 한다. 세무조사는 납세자의 사업과 관련해 세법에 따라 신고 및 납부의무가 있는 세목을 통합해 실시하는 것을 원칙으로 한다. 그러나 특정한 세목을 한정해 조사할 수도 있다.

세무공무원이 세무조사를 끝마치면 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 세무조사의 내용, 결정 또는 경정할 과세표준과 세액 및 산출근거, 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실 등이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 납세자에게 서면으로 통지해야 한다. 그러나 몇몇 법에서 정한 경우 결과통지를 하지 않는 경우도 있다.

세무공무원은 납세자가 세법에서 정한 납세의무를 이행하기 위해 제출한 자료나 국세의 부과·징수를 위해 업무상 취득한 자료 등을 타인에게 제공 또는 누설하거나 목적 이외의 용도로 사용해서는 안 된다. 납세자 본인의 권리 행사에 필요한 정보를 납세자가 요구하는 경우 세무공무원은 신속하게 정보를 제공해야 한다.

지금까지 세무조사의 일반적인 사항을 설명했는데 세무조사를 받을 수밖에 없는 납세자들은 세무공무원이 지켜야 할 조사규정을 잘 지키는지 확인하고, 부당하게 권리를 침해하는 요구를 할 경우 증거를 확보해야 할 것이다.

실수로 세금이 과소하게 납부됐다면 납부하면 된다는 생각을 가지고 있으면 된다. 사업자의 입장에서 세무조사를 받는다고 불안할 필요는 없다. 주인은 당당함에서 나온다.