세무조사가 나오게 되면 촘촘해진 과세 그물망과 숨길 수 없는 거래내역으로 인해 납세자는 당황스럽기 일쑤이다. 전자방식의 거래가 일반화됨에 따라 거래를 숨기거나 세무자료를 은닉하기 어렵게 되어 세원이 투명하게 드러나게 됐다.

정보의 비대칭적 우위를 보이는 과세관청에 실지조사권 등 여러 가지 권한이 부여돼 있는데, 과세관청의 권한이 남용되는 경우 납세자의 정상적인 경영활동이 마비되는 등 납세자가 겪는 고통은 상상이상으로 커지게 된다.

이 점에 유의해 선진 서구국가들을 비롯하여 우리나라에서도 납세자의 방어권 보장을 위한 여러 가지 법적 장치를 마련하고 있다.

조사공무원은 세무조사를 시작하기 전에 납세자권리헌장을 교부하고, 그 요지를 낭독해 주어야 하며, 조사사유·조사기간·권리구제 절차 등을 설명해야 한다.

세무조사기간도 최소한이 되도록 하고, 특히 연간수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만 납세자에 대한 세무조사기간은 20일 이내로 제한하고 있다.

같은 기간, 같은 세목에 대한 재조사도 제한되고 있다. 과세관청이 동일한 과세요건 사실에 대해서 반복적으로 세무조사를 하는 것은 납세자의 재산권과 영업의 자유를 과도하게 침해할 우려가 있고, 자의적인 보복세무조사로 변질 될 위험마저 있기 때문이다. 다만 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상 기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 납세자가 조사공무원에게 금품을 제공한 경우, 부분조사를 실시한 후에 해당조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 등에 대해서 예외적으로 재조사가 허용된다.

예외적 허용에 대해서도 관련 예외규정 도입 전이라면 재조사가 허용되지 않는다. 예로 담당 조사 세무공무원에 금품제공은 재조사 사유에 해당하지만 금품 관련 조항이 2015년에 도입되었기 때문에 이를 이유로 재조사 하더라도 조항 도입 이전 연도에 대한 재조사는 위법이다.

조사절차에 위법이 있는 경우 과세요건의 중요부분을 이루고 있다면 그 과세처분은 위법하게 되고, 또 위법의 정도가 정의와 형평에 현저하게 반한다고 인정될 정도라면 과세처분이 무효가 된다고 본다.

미국의 경우 조사공무원의 조사부과실적에 의한 근무성적평가를 금지하여 무리한 조사를 막고 있으며, 프랑스의 경우 조사공무원과 납세자 사이에 충분하고 대등한 대화가 없는 조사 종결은 무효로 하고 있다. 우리 대법원도 억압적 강요로 자유로운 의사에 반하여 확인서가 작성되고 이에 기초한 과세처분은 무효로 판단하고 있다.

조사공무원의 자의적 조사기간 연장, 조사범위 확대는 국세청 본청과 지방국세청, 세무서에 납세자보호위원회를 두어 막고 있다. 본청 납세자보호위원회는 작년부터 금년 6월까지 세무조사 연장 승인 취소 27건, 세무조사 범위 승인 취소 3건, 중복세무조사 중지 19건, 세무조사 선정 철회 3건의 납세자 보호 실적을 내고 있다.

세무조사 결과에 이의가 있다면 과세예고통지를 받은 날로부터 30일 이내 과세전적부심을 청구할 수 있다. 과세관청은 청구 받은 날로부터 30일내 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 납세자에게 통보해야 한다.