개인사업자 중에 복식부기 의무자는 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받거나 공급하는 거래의 경우로서, 은행을 통한 거래대금 수수, 인건비 및 임차료는 신고된 사업용 계좌로 거래해야 한다. 세원 투명성 확보를 위해 개인사업자의 개인적인 용도와 사업적인 용도를 구분해서 통장을 사용하도록 한 것이다. 따라서, 복식부기 의무자가 아닌 영세사업자는 사업용 계좌의 사용의무가 없다.

복식부기 의무자는 복식부기 의무자가 되는 과세기간의 개시일로부터 6개월 이내에 사업용 계좌를 세무서에 신고해야 한다. 예를 들어, 간편장부대상자였던 음식점업 사업자로서, 2017년 매출액이 1억5천만 원을 넘었다면, 2018년은 복식부기 의무자가 되므로, 2018년 6월 말까지 사업용 계좌를 신고해야 한다. 사업용 계좌를 기한 내 신고하지 않은 경우, 중소기업 특별세액감면 등 각종 세액감면 혜택을 적용받을 수 없다. 6월 말까지 계좌 신고를 하지 않고 있다가, 7월 1일에 뒤늦게 신고했다고 하더라도 2018년분에 대한 각종 세액공제 감면을 적용받을 수 없는 것이다. 또한, 사업용 계좌 미 신고 기간의 총매출액의 0.2%를 가산세로 부담해야 한다.

사업용 계좌는 사업장별로 신고해야 한다. 한 사업장에 여러 계좌를 신고할 수 있고, 여러 사업장에 한 계좌를 중복해서 신고할 수도 있다. 사업자 번호가 없는 인적용역사업자라고 하더라도 수입 규모에 따라 복식부기 의무자에 해당될 수 있으며, 이 경우에는 주민등록번호로 사업용 계좌 개설신고를 해야 한다. 간혹, 은행에서 사업자 등록번호로 사업용 계좌를 만들었으니 사업용 계좌를 신고했다고 생각하는 사람들이 있는데, 사업용 계좌 신고는 은행의 사업용 계좌 유무와 상관없이 사업자 명의 통장을 세무서에 별도로 하는 것이다.

사업용 계좌에 입금된 금액이라고 해서 전부 매출액으로 추정하지는 않는다. 가령, 신고된 수입금액보다 사업용 계좌에 입금된 금액이 훨씬 많다고 하더라도, 그 초과 금액을 단순하게 매출 누락액으로 추정할 수는 없는 것이다. 따라서, 개인적인 용도의 자금을 사업용 계좌로 받았다고 해서 세무조사를 받을까 걱정할 필요는 없으며, 사업용 계좌에 입금된 내역을 증명할 수만 있으면 된다. 동일한 논리로, 사업용 계좌로 신고하지 않은 개인용 계좌라고 하더라도, 세무조사를 받게되면 전부 조사의 대상이 되므로, 매출 누락액이 노출되지 않도록 사업용 계좌가 아닌 다른 계좌로 수입 금액을 수취하는 것은 더 큰 가산세만 부담하게 되는 것이다.