상가는 주택과 달리 기본적으로 사업용으로 사용된다. 따라서 상가는 특별한 사정이 없는 한 사업자가 소유하고 있으며, 상가를 양도할 때는 사업자의 지위에서 양도하는 것이므로 건물의 양도에 대해 세금계산서를 발급해야 한다.

하지만 부가가치세법에서 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 포괄양도형태의 거래가 있다. 사업양도자와 사업양수자가 동일한 사업을 영위함으로서 사업의 동질성이 대부분 유지된다면 불필요한 부가가치세의 납부와 환급절차를 생략하기 위한 것이다.

사업의 동질성이 유지되려면 사업의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도해야 한다. 대부분 상가를 매매할 때는 관련 공과금 등도 전부 이전돼 사업의 포괄양수도 요건을 일부 갖추고 있으므로 포괄양수도인지 제대로 파악해 봐야 한다.

상가의 매매와 관련된 사례를 살펴보자.

청구인은 상가를 매입해 성형외과의원을 운영하다가 2014년 폐업하고, 동 상가를 부동산임대업으로 사업자 등록했다. 동 상가는 공실상태로 있다가 2016년에 성형외과의사인 홍 씨에게 양도됐으나, 청구인은 세금계산서를 발급하지는 않았다.

홍 씨는 청구인이 세금계산서를 발행해주지 않자, 세무서에 매입자발행세금계산서 발행을 위해 거래사실확인을 신청했고, 세무서는 청구인이 세금계산서를 발행하지 않고 부가가치세를 신고누락한 것으로 봐 부가가치세를 부과고지했다.

청구인은 부동산임대업으로 사업자등록은 했으나, 부동산임대업을 전혀 하지 않았으므로 그 직전 상태인 성형외과 사업자체를 그대로 양도한 것으로 봐 사업의 포괄양도이므로 세금계산서를 발급하지 않아야 한다고 주장했다.

하지만 조세심판원은 부동산 매매계약서에 사업의 포괄양수도에 대한 언급이 없으며, 사업자등록상태가 부동산임대업이기 때문에 의료업을 영위하는 자에게 상가를 양도한 것은 사업의 동질성이 없으므로 사업의 포괄양도로 볼 수 없다고 판단했다.

고객들을 상대하다 보면 상가를 양도하면서 세금계산서를 발행하지 않는 경우가 있다. 중개인이 매매계약서에 한줄로 포괄양수도라고 표시하면 된다고 했다는 것이다. 하지만 위 조세심판례와 같이 업종이 달라지게 된다면 사업양수도로 볼 수 없으므로 건물 양수인이 어떤 사업을 할지도 반드시 확인하라고 조언한다.

사업의 포괄양수도인지 아닌지 모호한 경우라면 세금계산서를 발급하되, 사업양수인이 부가가치세를 양도인에게 지급하지 않고, 지급일이 속하는 다음달 10일까지 부가가치세를 신고납부하는 대리납부제도를 이용하면 포괄양수도라도 재화의 공급거래로 인정되므로 분쟁을 없앨 수 있다.