대한민국에서 사업을 하려고 하면 반드시 사업자등록을 해야 한다. 부가가치세 과세사업을 영위하려는 자는 부가가치세법에 의한 사업자등록을 해야 하며, 면세사업을 영위하려는 경우에는 법인세법 또는 소득세법상 사업자등록을 해야 한다.

이러한 사업자들은 사업을 하면서 부가가치세 신고 및 직원들의 근로소득 등에 대한 원천징수 의무를 부담하며 종국에는 매년 그 소득에 대한 법인세나 종합소득세를 납부해야 한다.

사업자들이 성실하게 세금을 낼 것으로 생각하지만 국세청 입장에서는 그렇지 않다. 국세청은 세금 탈루에 대한 정보를 수집해 그 의혹이 확실하다면 세무조사를 실시한다.

세무공무원은 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보 등이 있는 경우를 제외하고는 납세자는 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하도록 돼 있다.

세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위해 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 해야 하며, 다른 목적 등을 위해 조사권을 남용해서는 안 된다. 세무공무원은 조세 탈루의 명백한 자료, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우나 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우 등의 열거된 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없다. 이것을 ‘재조사 금지’ 또는 ‘1회 조사의 원칙’이라고 한다.

한편 세무공무원은 세무조사를 위해 필요한 장부 등의 자료 제출을 요구해야 하며, 조사대상이 되는 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부 등의 자료를 요구해서는 안 된다.

국세청이 세무조사 대상자를 선정할 때에는 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상자를 선정해야 하는데, 신고내용에 대해 정기적 성실도를 분석하여 불성실혐의가 있거나 일정기간 동안 세무조사를 받지 않았거나 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우에 대상자로 선정돼 정기 세무조사를 받을 수 있다.

조사대상자로 선정되면 세무공무원은 조사를 받을 납세자에게 세무조사를 시작하기 15일 전에 조사대상이 되는 세목, 과세기간 및 조사사유 등을 통지해야 한다. 다만, 사전통지를 했을 때 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 않다.

납세자가 사전통지를 받지 않고 세무공무원이 사업장에 들이 닥쳤다면 당황하지 말고 사전통지를 하지 않은 이유를 물어보면 되고, 이때 세무공무원은 서면으로 사전통지를 하지 않은 이유를 설명해 줄 것이다.

또한, 사전통지를 받은 납세자가 통지받은 기간에 조사를 받기 곤란한 경우에는 조사관서의 장에게 세무조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다.

천재지변, 질병, 화재 등 재해로 사업상 심각한 어려움이 있는 경우 등의 사유가 있을 때에 세무조사의 연기신청이 가능하며, 조사가 개시되기 2일전까지 조사연기를 신청할 수 있다.

세무조사의 연기신청을 받은 세무공무원은 납세자의 사정을 고려해 연기신청에 대한 승인 여부를 결정하고 그 결과를 세무조사 개시 전까지 통지해야 한다.

세무조사를 받을 때에 납세자는 세무사, 공인회계사, 변호사로 하여금 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술할 수 있는 등 도움을 받을 권리가 있으므로 세무조사 통지를 받았다고 먼저 불안해하지 않아도 될 것이다.