지자체-관련기관 자료공유안돼 누락 빈번
군포시 2005년 담배소비세 19억 부과 안돼
면허세 수수료 별도 징수 납세자 이중부담

연간 36조원에 달하는 지방자치단체의 지방세 부과 감독 시스템이 비체계적으로 운영돼온 것으로 밝혀졌다.

감사원은 지난해 6월부터 9월까지 지방세 부과 및 징수실태에 대한 감사 결과 이 같은 문제점을 찾아내고 행정자치부 등 관련기관에 개선책을 마련토록 통보했다고 26일 밝혔다.

감사원에 따르면 지방자치단체와 지방세 과세자료를 보유하고 있는 관련기관 간 자료 공유 시스템이 구축돼 있지 않아 지방세 부과가 누락되는 사례가 적지 않은 것으로 드러났다.

수입담배에 물리는 담배소비세의 경우 담배수입업체가 지방자치단체에 관세청의 통관자료와 다르게 통관사실을 신고해도 이를 확인할 수 있는 체계가 없어 지난 2년간 50억여원의 담배소비세가 징수되지 못했다.

군포시의 경우 담배소비세 등 산출세액의 110% 이상 납세 담보를 제공받은 뒤 납세담보확인서를 발급하도록 돼 있는 법 규정에도 불구하고 지난 2005년 한 담배수입판매업자에게 담보금을 받지 않고 납세담보확인서를 발급, 담배소비세 19억여원의 부과가 누락됐다.

감사원은 납세담보확인서 발급업무를 태만히 한 군포시 소속 공무원을 파면토록 징계요구하고, 행자부에 담배수입과 관련한 관세청 과세자료를 지자체와 공유하는 방안을 마련토록 통보했다.

종업원 수 51인 이상의 사업소에 대해 부과하는 ‘종업원할 사업소세’의 경우에도 근로복지공단의 임금자료가 지방자치단체에 제대로 공유되지 못해 부과 누락 사례가 발생하는 것으로 나타났다.

고양시 등 27개 자치단체의 경우 385개 업체가 사업소세 신고를 하지 않거나, 세액을 적게 신고하는 방법으로 모두 20억여원의 사업소세를 누락했다.

또한 지자체가 징수하는 면허세의 경우 면허뿐 아니라 단순 신고나 등록에 대해서도 수수료 성격으로 징수하면서, 면허 수수료를 별도로 받고 있어 납세자에게 이중의 부담을 주고 있는 것으로 나타났다.

감사원은 사업장의 주소 변경 등 경미한 변경 신고에도 면허세를 부과해 면허세 체납률이 높아지고 있었다고 지적했다.

감사원은 이와함께 지방세 부과대상과 세율, 과세표준 등에 대한 규정이 불합리해 과세 형평이 상실되고, 세무업무 혼선을 초래하고 있다고 밝혔다.

지목 변경에 대한 취득세 과세표준인 시가표준액의 경우 지방자치단체마다 다르게 산출하고 있고, 지가산정의 전문성이 없는 세무부서에서 지가를 임의 산정하고 있다는 것.

감사원은 고양시 등 12개 자치단체의 경우 지목 변경 후 지가를 임의 산정해 1억4천여만원의 취득세를 과다 징수한 사례를 들었다.

감사원은 이밖에 아파트 신축에 따른 취득세 과세표준 가운데 ‘하수도 인입공사비’는 과세표준에 포함하면서도 같은 성격인 ‘급수공사비’는 과세표준에서 제외하는 등 과세표준이 불합리하다고 지적했다.