롯데인천개발에 인천터미널 부지를 팔아 재정난에 숨통이 트이는 듯 싶었던 인천시가 갑작스런 법인세 추징 위기를 맞았다.

중부지방국세청은 인천시가 인천교통공사 설립 후 인천터미널 부지를 출연한 뒤 다시 돌려받아 매각하는 과정에서 장부가액과 감정가의 차액에 대한 법인세 납부 등에 관한 자료분석을 벌일 방침이라고 12일 밝혔다.

인천교통공사는 2011년 11월 당시 인천지하철공사와 통합하는 과정에서 인천터미널 부지를 장부가액(1천600억원)으로 출연받은 뒤 작년 8월 5천600억원에 인천시에 넘겼다.

시가 올해 1월 롯데 측에 매각을 위해 실시한 감정평가액은 7천억원대로, 중부지방국세청은 이 차액(1천400억원)에 대한 세금을 내야 한다는 입장이다.

교통공사는 시에 터미널 부지를 넘기는 과정에서 장부가액과 감정평가액의 차액(4천억원)에 대한 법인세 신고액(794억원)을 5년간 분할납부하겠다고 신고했으며 65억원은 이미 납부했다.

그러나 국세청은 인천시의 100% 출연기관인 교통공사가 작년 8월 시에 터미널부지 소유권을 넘길 때의 부동산 평가금액과 시가 롯데에 이 부지를 매각한 지난 1월의 평가금액에 차이가 났기 때문에 차익에 따른 세금을 내야 한다는 입장이다.

터미널부지 매각 과정에서 시가 얻은 이익에 대한 세금은 전 토지주인 교통공사가 내야한다는 것.

법인세를 내야 할 시가 자치단체여서 과세대상이 될 수 없는 만큼 시와 특수관계에 있는 인천교통공사가 이 세금을 내는 게 맞다는 판단이다.

중부지방국세청 관계자는 “현재 자료제출 협조를 요청한 상태로 아직 결정이 나거나 법인세 추징통보를 한 사실은 없다”며 “터미널 부지를 출연해서 되돌려 받을 당시 형질변경 등에 따른 감정평가액이 상승했기 때문에 합리적인 이유가 없다면 (법인세를)부과할 수 있다”고 설명했다.

그러나 중부국세청은 지방자치단체가 얻은 이익에 대해 관련 공공법인이 세금을 대신 내는 게 타당한 것인지 등 문제의 소지가 있을 수 있어 국세청에 질의한 것으로 알려졌다.

이에 대해 교통공사의 관계자는 “터미널 부지 반환과정에서 이미 신고한 법인세를 100% 시 출연기관이라고 해서 재차 추징하려 한다면 이중과세 논란이 일 수 있다”며 “국세청에서 (법인세를)추가 부과할 수는 있지만 교통공사로서는 방어단계”라고 전했다.