조세의 확정과 징수가 법률에 따라 이루어질 것을 요구하지만 현실의 모습은 반드시 그렇지 않다. 세법이 기본적으로 복잡하고 기술적 성격을 갖고 있으며, 과세대상의 바탕인 경제현상이 계속적으로 변화되고 있어 세무공무원과 납세자에게 법 적용과 해석에 모호하고 의심스런 상황이 발생하는 것을 피할 수가 없다. 납세자의 신고내용의 정확성 여부를 검증하기 위한 세무조사의 경우에도 납세자와 과세관청이 이런 이유로 서로 대립각을 세우는 경우가 있다. 세무공무원은 모호한 경우 국고에 유리하게 해석되어야 한다는 입장에 서게 되고 납세자는 이에 맞서 불복절차를 밟게 된다.

세무조사 결과에 대해서는 과세 전 적부심사를 청구할 수 있다. 세무조사 후 과세예고 통지를 받은 날로부터 30일 이내 해당 세무서장 또는 지방국세청장에 청구를 한다. 청구금액이 10억원 이상인 경우에는 국세청장에게 직접 청구할 수 있다.

그리고 세무조사를 통한 과세나 과세관청의 결정·경정 등의 처분을 받은 납세자는 세무서장이나 지방국세청장에게 30일 이내 이의신청을 할 수도 있다. 이의신청을 받은 과세관청은 신청 받은 날로부터 30일 이내 결정하여야 한다.

이 단계에서 구제 받지 못한 납세자는 조세심판원 심판청구, 국세청 심사청구 또는 감사원 심사청구 등 세 유형의 행정청의 절차 중 하나를 택하여 구제를 신청할 수 있다. 국세에 대한 쟁송은 필요적 전치주의를 택하고 있으므로, 법원에의 소제기에 앞서 행정청의 구제절차를 필수적으로 거쳐야 한다.

주의할 점은 처분의 통지를 받은 날로부터 90일 이내 신청하여야 하며, 90일이 지나면 신청하더라도 각하 된다는 점이다. 실무에서는 90일 구제기간을 도과하여 당연히 구제받을 수 있었던 세금을 내야하는 안타까운 경우도 가끔 접한다.

행정청 구제단계에서 납세자가 이기면 과세관청은 더 이상 쟁송절차를 진행할 수 없고 인용 결정된 대로 과세가 확정되게 된다. 행정청이 자기시정을 한 것으로 보아 후속절차 진행없이 종결된다. 그러나 과세관청이 이기면 납세자는 이에 불복하여 행정법원에 소를 제기할 수 있다. 양측이 1심 행정법원의 재판결과에 승복하지 않으면 고등법원 또는 대법원까지 가서 결판을 내게 된다.

행정청의 과세처분의 하자가 중대하고 명백한 경우는 취소사유가 아닌 무효사유가 된다. 권한없는 행정기관이 한 처분, 납세의무자가 아닌 자에 대한 체납처분, 소멸시효 완성 후의 과세처분, 납세고지서를 부적법한 방법으로 송달한 경우 등은 무효 사유에 해당한다. 무효인 경우에는 제소기간이나 소원 전치 등 절차적 제한을 받지 않는다. 무효는 처음부터 법률효과가 발생하지 않은 것이므로 시기 및 절차에 관계 없이 행정행위의 효력을 다툴 수 있다고 보는 것이다.

그리고 국가권익위원회를 통해 억울한 세금을 구제 받을 수도 있다. 국가권익위원회는 고충민원에 대해 조사하고 이를 구제하는 기관이므로 세금 민원도 그 대상으로 보아, 억울하다고 판단되는 경우에는 과세관청에 과세시정을 권고할 수 있다. 권고의 수용여부는 과세관청의 재량이지만 실제 구제를 받는 사례도 적지 않다.