법인이 주택이나 별장, 비사업용토지를 보유하다가 양도하는 경우, 토지 등 양도소득의 10%을 법인세에 가산해서 납부해야 한다. 이 규정은 과거부터 존재했으나, 중소기업에는 적용되지 않도록 유예되어 왔었다. 2016년에도 법적용이 유예될지 알 수 없으므로, 주택이나 비사업용토지를 보유하고 있는 법인으로서 조만간 양도할 계획이 있다면, 동 조항의 적용여부를 주의깊게 보아야 할 것이다.

여기서, 매매차익은 해당 부동산의 양도가액에서 양도당시 장부가액을 차감한 금액을 말한다. 따라서, 매매관련 직접비용이 발생했다고 하더라도, 매매차익에는 영향을 미치지 않는다. 가령, 제조업을 영위하는 중소기업 법인이 주택을 보유하다 양도한 경우로서, 제조업으로 인한 당기순손실이 1억원이고, 주택의 양도차익이 1억원이어서, 해당사업연도 당기순이익이 0이라면, 2015년이라면, 부담할 법인세가 없지만, 2016년에 양도했다면, 토지등매매차익 1억원의 10%인 1천만원을 부담해야 하는 것이다.

다만, 모든 주택이 추가과세 대상인 것은 아니다. 임대사업을 목적으로 하는 법인이 보유중인 임대주택을 양도하는 경우는 대상이 아니다.

임직원(주주인 임직원은 제외)용 사택도 대상이 아닌데, 법인소유 주택의 사택제공기간이 최소 10년 이상이어야 추가과세대상에서 제외된다. 참고로, 사택이 아니라 출장직원용 숙소로 이용하는 주택은 법해석을 엄격하게 해서, 과세대상으로 보고 있다. 중소기업 중에는 사택제공 목적으로 주택을 취득해서 주주가 사적으로 사용하는 경우도 종종 볼 수 있는데, 주주가 회사에 직책을 갖고 업무를 하였다고 하더라도, 주주가 이용하는 사택은 과세대상이므로, 주의가 필요하다.

저당권의 실행으로 대물변제 받은 주택도 대상에서 제외된다. 다만, 취득한 날로부터 3년이 경과하게 되면, 과세대상이 되므로, 대물변제 받은 주택은 3년안에 처분하는 것이 유리하다.

별장 중에서도, 읍 또는 면지역에 소재하면서, 건물 연면적이 150m² 이내이고, 부수 토지면적이 660m² 이내이며, 기준시가가 2억원 이하이면, 과세대상에서 제외된다.

토지의 경우, 지금 당장 사업용으로 사용하고 있지 않더라도, 사업용토지로 보도록 하는 규정들이 다수 존재하므로, 과세대상인 비사업용토지인지 여부를 면밀히 살펴볼 필요가 있다.

2016년에도 과세가 유예될 수 있으므로, 당장 겁먹을 일은 아니지만, 혹시라도 유예가 되지 않을 수도 있으므로, 법인은 주택이나 비사업용토지를 보유하는 것은 지양해야 할 것이다.