주식회사의 지배주주가 소액주주의 이익을 무시하고, 본인들의 이익만을 추구하는 행위는 투자를 위축시킬 수 있으므로, 적절하지 않다. 우리나라 세법은 지배주주의 전횡을 방지하기 위해서 몇가지 제도를 마련해 두고 있는데, 어떠한 것들이 있는지 살펴보도록 하자.

임원이나 사용인이 아닌 지배주주에게 지급한 여비, 교육훈련비는 법인의 손금으로 인정하지 않는다. 즉, 형식적으로는 임원이나 사용인이 아니지만, 실질적으로 법인의 경영에 참여하는 지배주주들이 있는데, 실질적으로 업무를 위한 지출이라고 하더라도, 개인적인 용도로 지출되었을 가능성을 배제할 수 없으므로, 이러한 비용을 법인의 손금으로 인정하지 않고 있다.

대주주이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하는 사택의 유지비, 관리비 등은 업무무관비용으로 보아 손금으로 인정하지 않는다. 법인의 업무와 관련없는 비용을 법인이 지출하고 있다면, 당연히 법인의 비용으로 인정할 수 없으며, 혜택을 본 지배주주에 대한 배당으로 보아야 할 것이다. 물론, 대주주나 출연자가 아닌 임직원이 사용하는 사택은 업무용으로 간주하여 법인의 손금으로 처리할 수 있다.

지배주주인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 사람보다 많은 보수를 지급한 경우, 그 초과지급액은 손금으로 인정하지 않는다. 따라서, 동일한 직위에 있는 일반 임직원과 형평에 맞게 보수를 지급해야 한다.

대주주는 법인과 특수관계자로 보아, 시가 외의 금액으로 법인과 거래를 하는 경우 시가로 거래한 것으로 보아 법인세나 소득세를 부과할 수 있다. 즉, 대주주가 법인으로부터 물건을 싸게 사거나, 저가로 용역을 제공받은 경우, 법인은 소득을 포기한 것이고, 대주주는 이익을 보게 된다. 과세관청은 시가로 거래한 것으로 보아 법인에게는 법인세를 부과하고, 대주주에게는 소득세를 부과하게 된다.

최대주주가 보유하고 있는 비상장법인의 주식은 할증평가한다. 대주주 지분은 상속세 및 증여세법상 평가한 가액에 20%(중소기업은 10%)를 할증평가하되, 대주주 지분이 50%를 넘는 경우에는 30%(중소기업은 15%)할증평가하도록 되어있다. 다만, 조특법에서는 할증평가 규정을 계속 유예하고 있으므로, 현재는 적용되지는 않고 있다. 또한, 중소기업의 주식의 양도소득세율은 10%가 적용되는데, 대주주가 소유한 주식에 대해서는 20%의 세율이 적용된다.