주식을 양도한 경우에도 부동산 양도처럼 양도소득세가 과세된다. 주식의 분류에 따른 양도소득세의 과세관계를 살펴보도록 하자.

일단, 주식은 상장주식과 비상장주식으로 구분된다. 비상장주식은 전부 양도소득세 과세대상인데 반해, 상장주식은 대주주가 양도하는 경우와 증권시장외에서 장외거래하는 경우만 양도소득세가 과세된다. 여기서 대주주란 지분율이 기준이상이거나, 시가총액이 기준이상인 경우를 말한다. 지분율이 유가증권시장은 2%이상, 코스닥, 코넥스 및 벤처기업은 4%이상인 경우를 말하는데, 지분율은 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도말 현재부터 주식의 양도일까지의 기간을 기준으로 판단하며, 본인 및 특수관계자의 지분율을 합산하여 대주주 여부를 판단한다. 시가총액 기준은 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도말 시가총액이 유가증권시장은 50억원, 코스닥 및 벤처기업은 40억원, 코넥스는 10억원 이상인 경우를 말한다.

양도소득세율을 살펴보면, 중소기업의 주식은 10%(대주주는 20%)를 적용하고, 비중소기업으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식을 양도하는 경우는 30%, 나머지의 경우는 20%를 적용한다.

비상장주식은 주식의 특성상 거래가 빈번하게 일어나지 않는다. 따라서, 시가가 형성되지 않은 경우가 대부분이다. 특수관계가 전혀 없는 자간의 거래라면, 그 거래가격이 시가가 되겠지만, 비상장법인은 대부분 가족회사이므로, 특수관계자간 주식이전이 대부분이다.

특수관계자간에는 시가로 거래하지 않으면, 고가로 매도하거나, 저가로 매수하여 이익을 취한 사람에게 증여세가 과세될 수 있으며, 증여세율은 주식 양도세율보다 높을 가능성이 있으므로, 항상 시가로 거래하는 것이 유리하다. 시가가 형성되지 않은 주식이라면, 상증법에 따른 보충적평가방법으로 평가한 가액으로 거래하면 된다. 간혹 비상장중소기업의 주식을 별 생각없이 액면가로 매매하는 경우가 있는데, 특수관계자간의 거래라면, 증여세가 과세될 수 있으므로, 주의가 필요하다. 참고로, 비상장주식의 보충적평가액은 생각보다 높게 산출되는 경향이 있으므로, 주기적으로 평가해 보는것도 좋은 방법이다.

한편, 주식을 양도하는 경우에는, 증권거래세도 납부해야 한다. 증권거래세는 보통 양도가액의 0.5%이므로, 누락하지 않도록 주의가 필요하다.