세무조사는 납세의무에 관하여 세법이 규정한 대로 과세표준과 세액을 정확히 계산해서 신고하였는지의 여부를 검증하는 절차이다. 그러나 막상 조사대상이 되는 기업이나 사업자에게 공포의 대상일 수밖에 없는 존재이다. 세금문제에 있어서는 그 누구도 자유로울 수 없다는 인식도 있고, 세무당국이 사업자에 비해 엄청나게 많은 정보를 보유하고 있으며, 기업 내부와 외부 고발자들로부터 자유로울 수 없기 때문이다. 또한 법률상의 문제와 실질경제 즉 시장과의 차이가 존재하는 경우, 세무조사는 대부분 법률의 잣대로 사업자를 조사하기 때문이기도 하다.

세무조사는 사업의 존폐여부를 가를 수 있는 엄청난 파장을 일으킬 수 있다. 그렇다고 너무 겁을 먹을 필요는 없지만 세무조사에 안이하게 대처하는 것도 위험하다.

세무조사의 선정은 정기선정과 수시선정으로 구분되는데 정기선정은 신고성실도 평가 등을 기준으로 선정하며, 수시선정은 탈세제보, 무자료거래, 위장·가공거래 등을 이유로 선정하게 된다. 소득에 비해 자산 취득이나 소비가 많은 음성불로소득자, 탈세를 조장하는 자료상 혐의자, 자산소득이나 현금 수입업종 등이 조사 대상이 될 가능성이 높으며, 중소제조업체, 수출업체, 벤처기업 등은 조사 대상에서 대부분 제외된다.

따라서 탈루나 오류 없는 세무신고를 하고, 납세협력의무를 성실히 이행하여 신고성실도를 높이는 것이 가장 좋은 세무조사 대응방법이 된다.

세무조사 통지를 받은 때에는 장부·증빙·각종 세금신고서를 대조 검토해서 보완하고 불필요한 서류 등이 섞여 있는지 여부를 확인해야 한다. 조사연기 신청을 할 필요가 있는지 여부도 검토한다.

조사과정에서는 당황하지 않고 조사공무원의 질문에 침착하고 정확하게 답변하고, 애매한 경우에는 확인하여 나중에 답하거나 세무사와 의논한 후에 답변하는 것이 좋다.

조사공무원과 회사 간의 세법의 해석 또는 적용에 있어서 견해 차이가 발생하는 경우 회사의 주장을 명확하게 설명하되, 개별적으로 다투기 보다는 여러 이슈를 일괄해 처리하는 것이 유리하다. 그렇게 해도 해결이 되지 않는 경우는 과세적부심 또는 심사·심판청구 등의 조세불복 절차를 밟아 해결해 나가도록 한다.

조사 피해를 줄이고 안내도 될 세금을 부담하지 않기 위해서는 평소에 각종 계약서, 세금계산서, 거래명세표, 영수증 등 증빙서류를 철저히 갖추어야 하고, 개인적 사용통장과 사업용 통장을 혼용해서 사용하지 않도록 유의해야 한다. 실거래 없는 세금계산서를 사용해서는 안되며, 통상적 행태를 벗어나는 거래(원가이하 매출, 사업 양수도, 상속·증여 등)는 반드시 전문가와 상의해서 처리하는 것이 바람직하다.

정기조사가 예상되거나 오래 동안 조사받은 적이 없는 업체는 세무법인이나 회계법인을 통한 모의세무조사를 받아보는 것도 좋은 대응방법이 될 수 있다. 잘못 신고된 세금을 사전에 수정할 수도 있고, 실제조사에 효과적으로 대처할 수 있는 노하우를 습득할 수 있다. 또한 세법에 부합하는 회계처리 체계를 갖출 수 있으며, 몰랐던 절세방안을 조언 받을 수 있는 기회가 될 수 있기 때문이다.