학술·종교·자선·사교 등 영리 아닌 공익을 목적으로 설립된 법인을 비영리법인이라고 한다. 학교법인, 사회복지법인, 의료법인, 종교법인, 학술단체, 문화·예술·체육단체 등이 이에 해당된다. 이러한 비영리법인은 공공복지 및 사회보장 등 정부가 수행해야 할 공익적 기능을 분담해 오고 있으므로 영리법인과는 달리 여러 가지 조세상 우대조치를 부여받는다. 설립목적 사업을 운영하는 과정에서 발생한 소득에 대해서는 법인세가 과세 되지 않는다. 그러나 비영리법인도 그 본질에 반하지 않는 범위 내에서 수익을 목적으로 하는 사업을 할 수 있고, 이러한 수익사업 또는 이자·배당 등의 수입에서 발생한 소득은 과세 대상이 된다.

납세의무를 지는 수익사업의 범위에는 제조업·건설업·도매업·소매업·부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업이 포함되며, 이자소득, 배당소득, 주식·고정자산·부동산 등의 양도소득이 과세 대상이 된다. 비영리법인의 수익사업에 대한 과세는 영리법인의 사업과 경쟁관계에 있을 때 비영리법인만 비과세하면 동일한 수익사업에 대하여 영리법인과의 관계에서 과세의 형평이 침해 된다는데 그 논거를 두고 있다.

그러나 비영리법인의 수익사업 소득에 대하여 영리법인과 동일하게 법인세를 과세하게 되면 공익을 추구하는 비영리법인의 고유목적사업에 사용할 재원의 일부가 우선적으로 국가의 조세로 귀속되어 설립 목적사업을 수행하는데 제한을 받게 되는 점을 감안하여, 수익사업중 일정금액을 손금 산입하는 고유목적사업준비금 제도를 통해 과세 특례혜택을 부여하고 있다.

비영리법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 50%(장학금 지출 법인은 80%)까지 고유목적사업준비금으로 손금 산입하여 법인세를 감면해 주고 있으며, 이자와 배당은 고유목적사업 준비금으로 100% 손금 산입하여 법인세를 내지 않도록 하고 있다.

사립학교법인, 산학협력단, 사회복지법인, 국립대학교병원, 박물관·미술관·도서관 법인 등에 대해서는 수익사업에서 발생한 소득금액의 100%를 손금산입 할 수 있는 특례제도를 운영하고 있다.

손금에 산입한 고유목적사업 준비금은 5년 이내에 사용하여야 하며, 사용하지 못하면 5년이 되는 날이 속하는 사업연도에 이자상당액을 가산하여 익금으로 산입하여야 한다.

고유목적 사업을 위한 고정자산 취득, 인건비 등 필요경비로 사용하는 경우 등은 고유목적사업에 사용한 것으로 본다.

사업소득이 없는 비영리법인의 자산양도소득에 대하여는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 대신 소득세법상 양도소득세 상당액을 부담할 수 있게 하도록 납세절차를 간소화해 주고 있다.

회계투명성 제고를 위하여 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채와 손익을 수익사업에 속하는 것과 수익사업 아닌 기타의 사업으로 구분하여 경리하여야 하며, 관련 장부도 10년간 보존하도록 하고 있다. 자금의 수입과 지출시에는 공익목적사업용 전용계좌를 사용하여야 하며, 자산총액 5억원 이상 법인에 대해서는 대차대조표, 손익계산서, 기부금 모집 및 지출명세, 해당법인의 대표자·이사·출연자, 주식의 출연·취득·보유·처분에 관한 사항 등을 공시하도록 하고 있다.