중소규모의 법인은 1인 주주 또는 가족 주주로 구성된 경우가 많다. 경영자와 주주가 동일인이거나 특수관계자이기 때문에 회사 자금에 대한 통제를 받지 않는 경우가 많다. 하지만 법인은 독립된 법인인격체이므로 자금이동에 따른 세금문제가 발생하게 된다.

법인이 대표이사나 주주 임원 등 특수관계자에게 자금을 빌려주는 경우, 법인에게는 인정이자를 계산해 법인의 소득으로 처리한다. 즉, 법인이 그 자금을 금융기관에 예치했다면 얻을 수 있는 수익을 포기한 것이므로, 그 이자수익만큼을 법인의 수익으로 보아 법인세를 과세하겠다는 취지이다.

이 경우, 대여금이 업무와 관련성이 있는지는 고려대상이 아니다. 물론 실제로 대여금이자를 인정이자보다 더 많이 받는다면 합리적인 투자활동을 한 것이므로 인정이자가 과세되지 않는다. 여기서 인정이자는 해당 법인의 자금 대여 당시 가중평균차입이자율을 적용해 산출하되, 법인이 차입금이 없어 가중평균차입이자율을 적용할 수 없다면 당좌대출이자율(현행 연 4.6%)을 적용해 산출한다.

또 법인에게 인정이자를 법인 소득으로 보는 경우, 해당 자금을 빌려간 특수관계인에게는 동일금액만큼 상여나 배당을 받은 것으로 보아 소득세를 과세한다. 즉, 특수관계법인에게 이자를 지급하지 않았느니 그만큼 이득을 본 것으로 보는 것이다. 결과적으로 대여금에 대한 이자상당액에 대해 법인은 법인세를 개인은 소득세를 과세하는 것이다.

추가로, 법인이 자금을 차입해 이자비용을 지출하고 있었다면 대여금상당액에 대한 이자비용은 법인의 손금으로 인정하지 않는다. 즉, 금융회사가 아닌 일반회사가 외부자금을 빌려서 특정인에게 자금을 빌려주었다는 것은 법인의 고유한 업무를 위한 지출이 아니므로 법인의 손금으로 인정하지 않는 것이다.

따라서 법인은 돈을 지출하고도 절세효과를 보지 못하게 된다. 다만, 지급이자손금부인은 거래상대방이 특수관계자인지 여부는 관련이 없으나, 업무관련 대여금에 대해서는 적용하지 않는다. 즉, 특수관계자라도 업무와 관련된 대여금이라면 지급이자 손금부인 규정은 적용하지 않는다.

다만, 실무적으로 자금의 대여는 대부업의 업무이므로 일반 제조업이나 서비스업 등의 업무를 수행하는 법인의 대여금에 대해 업무관련성을 입증하는 것은 쉽지 않다.

참고로, 모든 대여금에 대해 인정이자나 지급이자손금부인을 적용하는 것은 아니다. 임직원에 대한 월정액급여 범위내의 일시적인 가불금이나 자녀학자금 대여액 등 세법에서 정한 몇 가지 사유에 해당하는 대여금은 해당 규정을 적용하지 않는다.