부동산에 대한 양도소득세를 계산할 때 과거에는 일부 투기거래를 제외하고 양도가액과 취득가액을 기준시가로 하였기 때문에 매매계약서를 보관하고 있지 않더라도 별 문제가 없었다. 2007년부터는 모든 부동산 거래에 대한 양도소득세를 실지거래가액으로 계산하므로 부동산을 사고 팔 때 작성된 매매계약서와 매매대금을 주고받은 근거들이 있어야 한다.

(1) 취득가액을 확인할 수 없는 경우

이 경우 대부분이 환산가액으로 취득가액을 계산한다. 환산가액은 양도와 취득 당시 기준시가 변동률만큼 실거래가액도 변동됐다고 추정하여 계산하는 방법이다. 즉 양도 당시 실지거래가액 × 취득 당시 기준시가 / 양도 당시 기준시가 계산식을 적용하여 환산가액을 계산한다.

양도 당시 실지거래가액이 10억원이고 취득 당시 기준시가가 3억원, 양도 당시 기준시가가 6억원이라면 환산취득가액은 5억원(10억원 × 3억원/6억원)이 된다.

만일 양도한 부동산의 실제 취득가액이 4억원이라면 환산가액으로 계산한 취득가액이 오히려 많아 양도소득세가 줄어들게 된다. 반대로 6억원이라면 환산가액보다 더 적게 공제받아서 양도소득세를 실제 이익금보다 더 많게 내게 된다.

(2) 세무조사에서 취득가액이 확인되는 경우

일반적으로 세무조사에서 실지거래가액이 확인되는 방법은 거래당사자, 즉 거래상대방(전소유자)이나 중개인을 조사하여 거래가액을 확인하는 방법, 매매당사자 간 수수한 자금의 금융거래내역 등을 조사하여 실지거래가액을 확인하는 방법 등이 있다. 세무서에서 조사하여 거래가액이 확인되면 조사 확인된 가액으로 취득가액을 계산한다.

따라서 환산가액으로 계산된 취득가액이 실제 취득가액보다 높아서 양도소득세 신고 시 취득가액을 환산가액으로 신고하였더라도 세무조사에서 취득당시 실제 거래가액이 확인되면 신고한 환산가액을 부인하고 확인된 실지거래가액으로 양도소득세를 재계산하게 된다.

(3) 세무조사에서 검인계약서상 매매가액으로 취득가액을 계산한 경우

이 경우, 검인계약서를 근거로 삼게 되는데 2006년 이전 대부분의 부동산거래는 일명 다운계약서를 작성하여 시·군·구에 신고를 하였다. 세무서에서도 그러한 점을 충분히 인지하고 있으므로 세무조사에서 검인계약서상 거래가액으로 양도소득세를 추징하는 사례는 많지 않다. 그러나 환산가액으로 계산한 취득가액이 실제보다 터무니없거나 불합리하게 높게 계산된 경우로써 거래당사자가 담합하거나 세무조사에 비협조적이라서 실제 거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 검인계약서상 매매가액을 취득가액으로 하여 환산가액을 부인할 수 있다.

위와 같이 환산가액이 현실성 없고 실제거래가액을 확인할 수 없어서 조사공무원이 검인계약서 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 추징한 경우에 부과한 세금은 적법한 것일까? 판례는 검인계약서상 거래가액이 실제 거래가액이 아니라는 사실은 주장하는 자, 즉 양도소득세를 신고한 자가 입증하여야 한다고 하고 있다. 따라서 거래 당시 거래 증빙의 보관이 양도소득세 절세의 지름길임을 명심해야 하겠다.