최근들어 양도소득세의 세율은 계속 하락하는 추세였으므로, 양도소득세의 부담은 많이 감소했다. 하지만, 여전히 주의해야 할 경우가 있으므로, 양도소득세율 체계를 알아둘 필요가 있다.

양도소득세는 기본적으로 소득세율이 적용된다. 소득세율은 누진세구조로 되어 있으며, 과세표준구간별로 6~38%가 적용된다.

부동산의 보유기간이 짧은 경우는 소득세율이 아닌 중과세율이 적용된다. 1년 미만 보유한 부동산을 양도할 경우에는 50%의 세율이 적용되며, 보유기간이 1년초과 2년미만인 부동산의 양도소득세율은 40%가 적용된다. 다만, 주택이나 조합원입주권의 경우는 1년 초과 보유했으면 중과세율이 적용되지 않으며, 1년 미만 보유한 경우에만 40%의 중과세율이 적용된다. 2013년까지 적용되던 다주택자의 주택 양도소득세 중과세는 폐지 되었으므로, 다주택에 따른 양도소득세 부담증가는 없으나, 단기보유에 대한 중과는 여전히 존재하므로 주의가 필요하다.

비사업용토지를 양도한 경우에는 소득세율에 10%를 더한 세율이 적용된다. 2013년까지는 60%의 중과세율이 적용되었으나, 2015년부터는 소득세율에 10%를 더한 세율이 적용되므로, 나대지나 직접 농사를 짓지 않는 농지의 양도시에는 10% 더 높은 세율이 적용된다.

또한, 미등기 부동산을 양도한 경우에는 70%의 높은 세율이 적용된다. 오래된 건물은 등기가 안된경우가 종종 있는데, 오래된 부동산일수록 양도차익더 커지므로, 등기가 필요한 부동산은 필수적으로 등기를 마친 후에 양도할 필요가 있다.

참고로, 주식을 양도할 때도 양도소득세가 과세되는데, 주식의 양도소득세율은 원칙적으로 20%가 적용된다. 다만, 중소기업기본법에 따른 중소기업의 주식 양도소득세율은 10%가 적용되며, 비중소기업으로서 대주주가 1년미만 보유한 주식의 양도소득세율은 30%가 적용된다.

보유기간을 계산할 때, 상속받은 재산은 피상속인(망자)가 취득한날, 증여받은 자산은 증여한자가 취득한 날을 취득일로 보아 계산한다.

또한, 1월 1일부터 12월 31일 중에 2개 이상의 부동산을 양도했다면, 양도한 부동산의 과세표준을 모두 합산하여 소득세율로 산출한 양도소득세와 각 자산별 세율을 적용하여 산출한 양도소득세를 합한 금액 중 큰 금액을 양도소득세로 신고납부 해야 하므로, 가급적이면 한 해에 2개 이상의 부동산을 양도하는 것은 피해야 한다.