주택과 입주권이 있는 경우, 양도소득세를 적용할 때 조합원 입주권은 주택과 동일하게 취급한다.

다만, 주택을 소유하고 있던 사람이 일시적으로 2주택이 된 경우에도 법적요건을 충족하면 1세대 1주택 비과세가 적용되듯이 입주권에 대한 규정도 마련돼 있다.

주택 구입 후 1년 이후에 입주권을 취득해 입주권 취득일로부터 3년 이내에 주택을 양도하면 1세대 1주택 비과세 적용이 가능하다.

또 주택을 소유하고 있는 사람이 입주권을 취득한 후 3년이 경과한 후에 주택을 양도하는 경우, 입주권으로 취득한 신규주택에 완공일로부터 2년 이내에 전입하고 종전주택을 양도하는 경우는 1세대 1주택 비과세 적용이 가능하다.

1주택을 소유하던 사람이 재건축 또는 재개발(이하 재건축 등)이 개시돼 조합원으로서 재건축 등의 기간동안 대체주택을 취득한 경우로, 대체주택을 사업시행계획인가일 이후에 취득했고 1년 이상 거주했으며 입주권으로 취득한 신규주택에 완공일로부터 2년 이내에 전입해 1년 이상 거주하고 신규주택 완공일로부터 2년 이내에 대체주택을 양도한다면 1세대 1주택 비과세 적용이 가능하다.

주택을 소유하고 있던 중 무주택자인 부모로부터 조합원입주권을 상속받은 경우로, 소유하고 있던 주택을 양도하는 경우라면 1세대 1주택을 적용받을 수 있다.

또 주택과 입주권을 소유하고 있던 중 무주택자인 부모로부터 조합원 입주권을 상속받은 경우로, 주택을 양도할 때는 일단 상속받은 입주권은 없는 것으로 보고 위의 내용에 따라 1세대 1주택 여부를 판단하게 된다.

주택과 입주권을 소유하던 1세대가 주택과 입주권을 소유하던 부모를 동거봉양하기 위해 세대를 합친 경우, 세대를 합친 날로부터 5년 이내에 먼저 양도하는 주택은 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있다. 주택과 입주권을 소유하던 1세대가 주택과 입주권을 소유하던 사람과 혼인으로 세대를 합친 경우도 같다.

부동산 양도소득세 신고시 조합입주권은 고려하지 않는 경우가 많은데, 조합입주권을 소유하고 있는 상태에서 부동산양도를 하게 된다면 항상 세무전문가에게 정확히 설명해 줄 필요가 있다.