사업자 등록이란 납세의무자에 해당하는 사업자를 세무관서의 대장에 수록하는 것을 말한다. 납세의무자의 상호, 성명, 주소, 주민등록번호 및 사업장의 소재지와 사업의 종류 등의 인적사항과 사업의 개시일 등을 등재하여 납세의무자와 그 과세자료를 세무관서가 확인할 수 있도록 하는 일종의 납세협력의무이다.

사업을 시작하는 사람은 사업 개시일로부터 사업장마다 20일 내에 사업자등록신청서를 사업장 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 둘 이상의 사업장이 있는 사업자의 경우 개별사업장 마다 등록하는 대신 주된 사업장에만 등록하고 총괄 신고 납부를 선택할 수도 있다.

사업이 법령에 의한 허가사항일 경우 허가증 사본을 제출해야 하고, 공동사업을 하는 경우에는 동업계약서를 제출해야 한다. 또 사업장을 임차하여 사용하는 경우에는 임대차계약서를 같이 제출해야 한다.

개인사업자는 매출액 4천800만원을 기준으로 간이과세대상자와 일반과세자로 구분되기 때문에 자신의 과세유형에 따라 다르게 신청해야 한다.

등록신청을 받은 세무서장은 사업자등록번호를 부여하고, 신청일로부터 3일 이내에 사업자등록증을 신청자에게 발급해 준다.

주택임대사업을 하는 경우에는 관할 세무서에 사업자등록을 해야 할 뿐 아니라 임대주택사업을 관할하는 시·군·구청에도 임대사업자 등록을 하여야 한다. 두 군데 중 한 군데라도 빠지면 비과세 혜택에서 제외될 수 있다.

장기임대주택은 비과세규정을 적용할 때 거주자의 주택 수에서 제외되는데 세무서와 구청 두군데 다 등록하지 않으면 임대주택이 보유주택 수에 포함되어 본인 주택을 팔 경우 1가구1주택 비과세 혜택을 볼 수 없는 문제가 발생한다.

주택임대사업자나 준공공임대주택사업자로 사업자 등록하면 취득세와 재산세, 양도소득세 납부시 다양한 세제혜택을 누릴 수 있는데, 이 또한 두 군데 다 사업자 등록을 해야 세제 혜택을 받을 수 있다.

사업자 등록 없이 사업을 한다면 부가가치세 매입세액 공제를 받지 못한다. 재화나 용역을 공급 받을 때 거래징수 당한 매입세액은 납부단계에서 공제 받도록 되어있는데 이를 받지 못하게 되는 것이다. 미등록 사업자는 매입과 매출시 이중으로 부가가치세를 부담하게 되는 것이다.

그리고 사업자 등록이 없으면 사업개시일로부터 등록을 신청한 날 직전 일까지의 공급가액 합계액의 1% 상당액을 미등록 가산세로 물어야 한다.

사업을 시작하기 전에 사업자등록이 가능하며, 미리 사업자 등록을 한다면 매장 오픈을 위해 구입한 비품이나 지출한 용역에 대한 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 있다. 사업자등록 시점에서 역산하여 20일 이전이 속하는 과세기간 거래분 전체에 대해 매입세액 공제가 가능하다. 미리한 사업자 등록은 사업준비 기간에 지출한 금액의 10%를 돌려받게 해주는 것이다.

사업자가 등록하지 아니한 경우 관할 세무서장이 조사하여 직권으로 등록시킬 수 있다.

당연한 사업자 등록이지만 이를 소홀히 한다면 내지 않아도 될 세금을 내기도 하고 매입세액 불공제 및 가산세 부과 등의 불이익을 받는 경우가 발생할 수도 있는 것이다.