세금은 세금을 부과할 수 있는 기간과 세금을 징수할 수 있는 기간이 정해져 있다. 세금을 부과할 수 있는 기간을 제척기간이라고 하며, 세금을 징수할 수 있는 기간을 소멸시효라고 한다.

세금부과의 제척기간은 기본적으로 5년이 적용된다. 가령, 2017년 사업소득에 대한 소득세는 2018년 5월말까지 신고해야 하므로, 2018년 5월말까지 신고하지 않았다면 2018년 6월 1일로부터 5년인 2023년 5월말까지 세무조사를 통해 세금을 부과할 수 있는 것이다.

일반적인 경우 외에는 별도로 제척기간을 정하고 있다. 세금신고를 하지 않은 경우는 7년의 제척기간이 적용되고, 사기나 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우는 10년의 제척기간이 적용된다. 사기나 부정한 행위는 국세부과를 현저히 어렵게 하는 행위로서, 이중장부나 거짓장부의 작성, 거짓 증빙의 수취, 거짓 문서 작성, 장부와 기록의 파기, 재산의 은닉 등이 해당된다. 실무에서는 사기나 부정한 행위에 해당되는지 여부를 가리는 것이 중요한데, 사기나 부정한 행위의 범위가 넓어서 대부분 적용된다고 보아야 한다. 판례에서는 단순히 매출을 누락하여 신고한 경우 정도만 사기나 부정한 행위로 보지 않기 때문이다. 즉, 현금매출을 누락 신고한 사실만으로는 부정행위로 볼 수 없으나, 현금매출을 숨기기 위해 차명계좌를 이용했다면, 재산의 은닉에 해당되어 부정행위로 보게 되는 것이다.

상속세나 증여세는 다른 세법보다 좀 더 긴 제척기간이 적용된다. 상속이나 증여는 기본적으로 10년의 제척기간이 적용되며, 무신고, 부정행위 및 거짓신고로 조세를 포탈한 경우에는 15년의 제척기간이 적용된다. 다른 세목과 달리 부정행위 외에 거짓신고가 추가 되었는데, 가공의 채무를 공제한 경우, 등기가 필요한 재산을 등기이전하지 않고 신고 누락한 경우, 예금이나 보험금 같은 금융자산을 신고 누락한 경우가 이에 해당된다. 거짓신고가 추가됨으로서 단순무신고에 적용되는 짧은 제척기간이 적용되는 범위가 다른 세목보다 더 좁아졌다.

부담부증여의 경우 증여와 양도가 각각 신고되므로, 양도소득세와 증여세의 제척기간을 일치시킬 필요가 있어서, 양도소득부분의 제척기간을 증여세의 제척기간과 동일하게 보도록 하고 있다.

한편, 국세의 소멸시효는 제척기간보다는 단순하다. 납부할 세액이 5억 원 이상인 경우는 10년, 5억 원 미만인 경우는5년의 소멸시효가 적용된다. 다만, 소멸시효는 제척기간과 달리 중단과 정지제도가 있기 때문에 독촉, 소송 등을 통해서 충분히 늘어날 수 있다는 점을 유의해야 한다.