부동산을 단기간 보유하고 양도하는 경우에는 부동산 투기목적의 거래로 보아 높은 양도소득세율이 적용된다.

일반 부동산을 1년 미만 보유하고 양도하면 50%, 1년 이상 2년 미만 보유하고 양도하면 40%의 높은 세율이 적용된다.

다만, 주택경기 활성화를 위해 주택과 조합입주권은 1년 미만 보유한 경우에 한해 40%의 세율을 적용하며, 1년 이상 보유한 경우는 일반소득세율을 적용한다.

가령 양도소득금액 1천만원이 발생한 토지 양도건에 대해 1년 미만 보유했다면 50%인 500만원, 1년 이상 2년 미만 보유했다면 40%인 400만원, 2년 이상 보유했다면 일반 소득세율 6%를 적용해 60만원의 양도소득세가 과세된다.

지방소득세까지 포함하면 차이는 더 커지게 된다. 따라서 불가피한 경우가 아니라면 부동산은 2년 이상 보유한 후에 양도하는 것이 좋다.

이 때 보유기간은 당연히 취득일부터 양도일까지로 한다. 상속받은 재산은 피상속인이 취득한 날을 기준으로 보유기간을 정한다. 즉, 아버지가 오랫동안 보유하던 부동산을 상속받은 경우, 그 부동산을 바로 양도하더라도 단기보유로 보지 않으므로 높은 세율이 적용되지는 않는다.

다만, 장기보유특별공제를 계산할 때 보유기간은 상속재산을 상속받은 날부터 기산하므로 구분해야 한다.

또한 5년 이내 배우자나 직계존비속으로부터 증여받은 부동산을 양도하는 우회양도의 경우가 있다. 우회양도는 부동산의 취득가액을 높여 양도소득세를 줄일 목적으로 종종하는 방법인데, 소득세법에서는 부당행위로 보아 형식적인 부동산 소유자가 아닌, 당초에 부동산을 증여한 배우자나 직계존비속이 직접 양도한 것으로 간주하므로 보유기간 역시 당초 증여한 배우자나 직계존비속이 취득한 날부터 기산한다.

참고로 단기보유보다 더 높은 세율이 적용되는 것이 있는데, 바로 미등기양도이다. 부동산을 취득하면서 본인명의로 등기하지 않고 양도하는 경우, 양도소득세율은 70%가 적용된다.

다만, 법률에 따라 등기가 불가능했거나 상속재산을 아직 등기하지 않았는데 수용되는 경우처럼 등기를 하지 않은 사정이 있다면 미등기양도로 보지 않는다.