세금을 사용하는 용도에 따라 보통세와 목적세로 나눈다. 대부분의 세금은 보통세로서, 거두어들인 세금은 정부의 일반회계로 들어간다. 어디에 얼마 사용하는지를 매년 국회에서 결정한다. 그러나 목적세는 그 용도가 법으로 미리 정해져 있다. 따라서 정부재원을 특정분야에 중장기적으로 계속 투입할 필요가 있을 때 목적세가 편리하다.

목적세로는 현재 교육세, 교통세, 농어촌특별세가 있고, 이 종류의 목적세의 세수는 2015년 22.4조원으로 전체 세수의 10.8%를 차지한다.

방위세는 1975년부터 15년간 존속되었다가 1990년 폐지 되었다. 강력한 국방체계 구축을 위해 목적세로 신설되어 나름 역할을 하다가, 일반회계를 통해 지원하는 방식으로 1990년 전환되었다.

교육세는 1982년부터 교원 처우 개선과 과밀학급 해소 등 교육시설 확충을 위해 5년 한시의 목적세로 신설되어 연장을 거듭하다가 1995년부터 영구세로 전환되었다.

교통세는 도로, 도시철도 등 교통시설의 확충에 필요한 재원을 확보하기 위해 1994년 10년 한시로 도입되었으나 과세시한이 연장되어 왔으며, 2007년부터는 교통·에너지·환경세로 명칭이 바뀌어 유지되어 오고 있다.

농어촌특별세는 우루과이라운드 등의 국제무역질서 재편에 따라 시장개방에 따른 농가 피해를 보상하고, 농어촌 경쟁력 강화를 위한 투자 재원 조달을 위해 1994년 신설되었다. 10년 기한으로 출발하였으나 현재까지 연장되어 유지되고 있다.

목적세는 장기적 관점에서 특정목적에 지속적 투자를 할 수 있다는 장점이 있지만, 칸막이로 세출예산의 경직성을 가져와 예산운용의 비효율을 초래할 수 있다. 목적세는 한시적으로 신설·운용되지만 관계부처와 이해단체 입장에서는 손쉽게 재원을 조달할 수 있어 항구적으로 유지 하려는 유혹을 갖는 것이 일반적이다.

그러나 목적세를 통한 재원 투입으로 도입 당시 의도한 정책적 목표가 달성되었는데도 계속적으로 연장·유지된다면 재정운용의 효율성을 저하시키는 일이 아닐 수 없다.

교원 처우가 과거에 비해 크게 개선되고, 저출산으로 학생 수가 크게 줄고 과밀학급이 해소되었는데도 교육세로 거둔 세금을 불요불급한 부분에 투입한다면 문제가 아닐 수 없다. 현재 초·중·고의 학급당 인원은 20~40명 수준으로 과밀학급과는 거리가 멀다. 2005년 3.5조원이던 교육세 세수는 2015년 4.9조원으로 증가하였다.

농어촌 인구가 지속적으로 줄고 있어도 농어촌특별세는 계속 연장되어 오고 있고, 세수도 2005년 1.7조원에서 2015년 2.6조원으로 늘어가는 추세에 있다.

도로·철도·공항·항만 등 교통시설 확충에 투입되고 있는 교통·에너지·환경세의 2015년 세수는 14.9조원으로 전체 세수의 6.8%를 차지하며, 규모도 2005년 10.3조원 대비해 크게 늘었다. 목적세를 통해 거둔 풍부한 재원으로 우선순위 낮은 SOC 사업에 과잉중복 투자되는 일은 없는지 검토가 필요하다.

일자리 창출, 저출산·고령화 대책, 안보역량 강화 및 북핵 대응 등 국가적으로 절체절명한 과제가 많은데 귀중한 세금이 과거 기준에 따라 칸막이 배분되어 비효율적으로 사용되고 있지 않은지 살펴보고, 필요하다면 목적세 정비에 나서야 한다.