세법에서는 부동산 등의 보유기간에 따라 세율 또는 비과세 여부를 결정하는 경우가 많이 있다. 특이한 경우의 보유기간에 대한 규정을 알아 보도록 하자.

1세대1주택 양도소득세 비과세 규정은 1세대가 1주택을 2년 이상 보유한 경우에 적용된다. 구 건물을 멸실하고 신축한 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 판정 시에는 그 기간을 통산하도록 하고 있다. 하지만 1세대1주택 비과세대상이 아닌 건물의 경우는 다르다. 공장 건물이 화재로 멸실되자 새로 신축해 1년 내에 양도한 건에 대해, 구 건물의 보유기간을 신 건물의 보유기간에 통산해서는 안 되며, 구 건물의 취득가액 역시 신 건물의 양도소득 필요 경비로도 볼 수 없다고 한 사례가 있다.

한편, 1세대 1주택 비과세 규정은 양도일 현재 거주자에게 적용되는 것으로, 해당 주택의 보유기간은 거주자인 신분에서의 보유 기간을 통산하는 것이다. 가령, 주택구입 후 즉시 출국해 외국에 계속 체류하여 소득세법상 비거주자로 판정되는 사람이 일시적으로 귀국해서 주택을 양도하는 경우, 한국 국적을 가지고 있다고 하더라도 비거주자로 보거나, 거주자로서 보유 기간이 2년 미만에 해당되어 비과세혜택을 못 받을 수 있다.

피상속인과 상속인이 10년 이상 소급해 계속 동거한 1세대 1주택을 상속받는 경우, 상속주택 가액의 40%(5억원 한도)를 상속세 과세가액에서 공제받을 수 있다. 이때, 10년의 보유 기간은 피상속인이 보유한 기간을 말한다. 가령, 아버지가 10년 소유하던 주택을 어머니가 5년 전에 상속받은 경우, 보유 기간을 통산해서 15년으로 볼 것인지 어머니 소유 기간인 5년만 볼 것인지에 대해 국세청은 어머니 보유 기간만 인정된다고 해석하고 있다.

8년 이상 자경한 농지의 양도소득세 감면 규정에서 자경 기간은 스스로 농사를 지은 기간만 인정된다. 즉, 증여나 상속받은 경우, 기존에 부모님이 농사지은 기간은 통산하지 않는다. 한편, 소유 기간 중 8년 이상 자경하면 되므로, 보유 기간 중에 일시적으로 농사를 짓지 않았더라도 총 8년 이상만 자경했으면, 감면 대상이 된다.