원천징수는 납세의무자 자신이 직접 세금을 납부하지 아니하고, 납세의무자에게 소득을 지급하는 제3자가 소득을 지급할 때에 국가를 대신하여 그 납세의무자의 세액을 징수하여 과세관청에 납부하는 제도를 말한다. 원천징수 대상이 되는 소득으로는 이자소득, 배당소득, 특정 사업소득, 근로소득, 연금소득, 기타소득, 퇴직수당 등이 있다.

원천징수제도는 소득발생 원천에서 징수하게 되므로 세원 포착과 세수 확보가 용이하고, 세무행정력 투입이 없어 징세비가 절감되며, 소득의 발생과 조세 납부 사이의 시차가 단축되어 경기의 자동조절 기능도 강화된다.

일본은 1940년, 미국은 1943년, 영국은 1944년 제2차 세계대전의 급박한 상황에서 원천징수제도를 도입하였으며, 현재도 대부분 국가들이 징수의 용이성과 신속성으로 인해 전시에는 원천징수제도를 확대 적용한다.

소득을 지급하는 법인 등에게 원천징수라는 특별한 의무를 지우는 것이 법 앞의 평등에 위배되고, 과잉금지 원칙에 위배된다는 주장도 있지만 조세수입의 확보라는 공공복리와 원천징수부담이 업무를 수행하면서 처리할 수 있는 근소한 것이어서 위헌이 아니라는 것이 정설이다.

원천징수 제도에는 완납적 원천징수와 예납적 원천징수가 있다.

완납적 원천징수는 원천징수만으로 납세 및 신고의무가 완결되는 것을 말하며, 일용근로자의 급여, 분리과세이자소득, 비거주자에 지급하는 소득 등이 대표적이다. 예납적 원천징수는 일정 세액을 미리 징수하여 납부하고 나중 확정 신고를 통해 세액을 정산해야만 의무가 종결되는 것을 말하며, 이 경우 미리 원천 징수된 세액은 정산과정에서 기납부세액으로 공제받는다. 근로소득에 대한 원천징수에 대한 연말정산이 이에 해당한다.

이자소득은 일반적으로 14% 원천징수 하나, 장기채권이자는 30%, 비영업대금은 25% 원천징수 한다. 배당소득도 14% 원천징수 하고, 출자공동사업자의 배당소득에는 25% 원천징수한다. 근로소득은 간이세액표에 따라 원천징수 된다. 육아, 교육비, 의료비, 신용카드, 근로소득 등 개인의 특수한 사정은 연말정산을 통해 반영된다. 공적연금소득은 나이·종신계약 여부 등에 따라 3~5% 원천징수하고 연말정산 한다. 보험모집인 등의 사업소득은 3% 원천징수하고 연말정산 한다. 기타소득도 20% 원천징수 되며, 복권금액이 3억원 초과하는 경우는 초과분에 대해 30% 원천징수 한다.

비거주자 또는 외국법인이 국내에 고정사업장을 가지지 아니하는 경우 국내원천의 이자 및 배당·독립적 인적용역·사용료소득·유가증권 양도소득·부동산의 양도소득·기타소득이 있는 경우 원천징수 한다. 이 경우에는 원천납세의무자가 국내에 없어 원천징수가 거의 유일한 세금징수 방법이 된다.

원천징수의무자가 세액을 징수하여 납부하지 않을 때는 해당 세액과 불성실가산세를 과징 당하게 되며 조세범처벌법에 따라 2년이하 징역 또는 2천만원 이하의 벌금의 처벌을 받게 된다. 원천징수의무자가 과세관청으로부터 징수누락한 원천징수세액에 대한 납세고지를 받고 해당 세액을 납부한 다음에는 원천납세의무자에게 구상할 수 있다.

행정편의만을 강조하여 원천징수제도를 확대한다면 기본권과 재산권 침해 소지가 있을 수 있으므로 원천징수의무자의 부담을 최소화 하고, 절차도 단순·명료하게 개선하기 위한 노력이 필요하다.